Največji posegi so se izvedli v prezbiteriju. Odstranil in predelal se je glavni oltar, obhajilna ograja se je odstranila, celoten prezbiterij je po celi globini dobil novo dodatno stopnico, na katero je arhitekt umestil nov oltar, ambon in sedilije. 

Glede na to, da je bila ta sprememba narejena dokaj kmalu po II: Vatikanskem koncilu, ki je določil novo obliko liturgije – maševanje ob oltarju proti cerkveni ladji, je ta smela rešitev v letih, ko je liturgični obred dobival novo podobo, postala nefunkcionalna. Zato je na pobudo g. župnika Benkoviča in župnije Beltinci, izdelana zasnova novega oltarnega prostora. 

Nov oltarni prostor je zaradi izredne globine prezbiterija razdeljen v dva dela : prvi del ob slavoloku je oblikovan za liturgijo stopnica nad nivojem prezbiterija se pod slavolokom rahlo polkrožno zaključi, na drugi strani pa ravno zaključi proti delu, kjer se na mesto sedanjega oltarja postavi steber s tabernakljem, ki se za dve stopnički dvigne. V tem delu se postavi tudi nekaj klopi za čaščenje, tako se prostor globokega prezbiterija smiselno in oblikovno razdeli. 

Ob oltarnem prostoru je še vedno prehod, vendar ožji, tako, da se okoli oltarnega prostora pridobi prostor.